Para que se generen en otro sitio puede hacerse lo siguiente: pulsar el botón derecho del ratón encima del Acceso directo que se utiliza para acceder al programa y seleccionar Propiedades.
En la pestaña Acceso directo, en el campo Iniciar en, poner el nombre de la carpeta del programa entre comillas (puedes copiarlo de arriba quitando \qfac2000.exe). Por ejemplo:
"C:\Archivos de programa\QFACWIN"
Saludos,
Quim Herrera